Взаимоотношения светской власти и церкви в XVI в. действительно существенно изменились. Раньше церковь была самостоятельной структурой, практически не зависящая от светской власти. Однако в процессе централизации России и укрепления власти великого князя (царя), церковь стала всё больше и больше зависеть от воли монарха. Например, митрополитом Московским мог быть избран только человек, устраивавший государя. И наоборот, если глава церкви терял доверие государя – он вполне мог лишиться своего сана (например, как в случае конфликта между Иваном Грозным и митрополитом Филиппом Колычевым).