В первые специальные органы выделения - протонефридии появляются у плоских червей. Они представляют собой систему канальцев по всему телу и открываются наружу одним отверстием выделительной порой. От главных каналов отходят более мелкие, заканчивающиеся звездчатыми клетками. Продукты распада из межклеточного пространства диффузно попадают в клетку, затем в выделительный каналец, далее в выделительную пору.
У круглых червей протонефридии сменили кожные железы с длинными каналами.
У кольчатых червей с появлением вторичной полости тела (целома) возникают метанефридии. Они представляют собой систему извитых канальцев. Один конец канальцев открывается в целом воронкой (нефростомом), усаженную клетками со жгутиками, другой конец - открывается нефропорой на боковой поверхности тела. У кольчатых червей метанефридии расположены в каждом сегменте. Выделительную функцию выполняют как нефростом, так и стенки канальца.