У моллюсков и членистоногих вторичная полость редуцируется, и нефридии выделения значительно меняются. У ракообразных и большинства моллюсков они образуют компактные органы, напоминающие почки позвоночных. У ракообразных и насекомых вместо нефридиев появляются выделительные трубки, которые начинаются в пространстве между органами и впадают в кишечник на границе среднего и заднего отделов. Они называются мальпигиевыми сосудами.
Далее эволюция выделительной системы у хордовых шла по пути перехода от нефридиев низших хордовых к специальным органам - почкам, которые прошли длительный путь развития.
У всех позвоночных - от рыб до млекопитающих - органы выделения состоят из почек, мочеточников и мочевого пузыря, открывающегося через мочеиспускательный канал в окружающую среду или в клоаку. Форма и размеры почек отличаются у разных классов, но по строению и функциям они схожи.