Среда прямо и косвенно влияет на эмбриогенез. Главные факторы — температура, наличие воды, питательных веществ, кислорода. Для развития эмбриона ящерицы необходимо тепло окружающей среды и сухая среда, эмбрион крысы развивается внутри материнского организма, у рыбы эмбриогенез происходит в теплой воде с достаточным количеством растворенного в воде кислорода, развитие эмбриона лягушки происходит в воде, аналогично, как и рабы; у голубя эмбриогенез происходит внутри яйца, тепло которому сообщают родители. У ящерицы, птицы - эмбрион защищает скорлупа яйца, у крысы - эмбрион защищают стенки матки, тазовые кости, мышцы и кожа, у рыбы эмбрион защищают оболочки икринки.