Это была политика государственного национализма в стране, в которой не сложилась единая политическая нация, объединившая всех подданных империи вне зависимости от их этнической или конфессиональной принадлежности. Такой курс означал преимущества для одних и ограничения для других. Факты национальной религиозной терпимости сочетались в попытками проведения русификаторской политики, которая коснулась прежде всего западных губерний империи. Там правительство пыталось обеспечить господство русскому языку и православной вере. Автономия Царства Польского фактически были ликвидирована после восстания 1863 года. Расширение автономии Финляндии имело исторические причины: еще до вхождения в состав России в условиях шведского господства Финляндия пользовалась определенной автономией. Это повлияло на статус Финляндии в составе Российской империи.
В то же время во второй половине XIX века на Северном Кавказе и в Средней Азии правительство больше не ставило задачу христианизировать мусульман, прекрасно осознавая её невыполнимость. Властями ставилась другая задача: интегрировать всех подданных на началах русского языка и культуры с целью привить им русскую идентичность. С этой целью мусульманскую элиту и духовенство старались включать в различные сословия и органы управления на местах.
Хивинское ханство и Бухарский эмират формально сохраняли независимость, но их внешняя политика и оборона находились под контролем российских властей. Однако российские власти не вмешивались в религиозную жизнь местного населения.