Перед территориальными органами НКВД-НКГБ стояли задачи обеспечения спокойного развития тыла страны и защиты от любых попыток дезорганизации действиями германских спецслужб. Эти органы препятствовали развёртыванию организованного Гитлером вооружённого националистического движения в национальных республиках и образованиях СССР. В итоге германские спецслужбы отказались от планов вооружённых восстаний в тыловых районах ссср.
. В тылу страны сотрудники органов госбезопасности надёжно защищали особо важные промышленные и военные объекты, коммуникации от диверсионных групп противника.
Особое внимание уделялось выявлению причин невыполнения оборонными предприятиями военных заказов, тем самым предотвращались аварии и срывы оборонных заказов. Зачастую это влекло за собой необоснованные репрессии в отношении руководителей . промышленных предприятий и . инженерно-технического состава.