В этом конфликте союзником России выступила Дания, с которой Россия в 1493-1516 годах заключила три торговых договоров, как ответ на торговую блокаду России, устроенную Ганзейским союзом, Литвой и Швецией. Датские купцы, как главные конкуренты Ганзейцев на Балтике, получили преимущества и торговые привилегии.
Взаимоотношения с Ганзейским союзом у России всегда были сложными. Несмотря на наличие торговых договоров, гарантировавших свободное движение по торговым путям, всякий раз с возникновением военного конфликта объявлялась и торговая блокада. В периоды особенно острых конфликтов ганзейские купцы закрывали церковь и дворы, забирали свое имущество, все ценности, казну и архив конторы и покидали Великий Новгород и Псков. Своего рода точку в новгородско-ганзейских отношениях была поставлена Иваном III в 1494 г., когда ганзейская контора в Великом Новгороде была по его указу закрыта, 49 ганзейских купцов были арестованы, а их товары на сумму 96 тыс. марок конфискованы и отправлены в Москву. Начался затяжной двадцатилетний конфликт Русского государства с Ганзой. В Ревеле и Риге были арестованы находившиеся там новгородские купцы с товарами. И Ганза, и Россия неоднократно пытались урегулировать конфликт. Только в 1514 году было заключено новое соглашение России с Ганзейским союзом.