Митохондрии, как и пластиды, содержат собственные молекулы ДНК. За счет этого они могут самостоятельно размножаться, вне зависимости от деления клетки. Также обе органеллы имеют двойную мембрану: внутренняя образует пространственную структуру, а внешняя окружает органеллу.
Митохондрии отвечают за производство энергии в клетке через окислительное фосфорилирование. Некоторые пластиды, например, хлоропласты, также выполняют фотосинтез, преобразуя солнечную энергию в химическую.