При аутоиммунных реакциях организм человека реагирует на собственные молекулы, как на чужеродные вещества. То есть, иммунная система направляет свои атакующие механизмы против собственных клеток, тканей и органов. В результате этого может происходить повреждение нервной системы, суставов, эндокринных желез и т. д.
Примером аутоиммунных заболеваний является системная красная волчанка, ревматоидный артрит, системная склеродермия, синдром Шегрена, полимиозит, группа системных васкулитов и многие другие.