В контексте учения о Троице и библейских текстов, в которых упоминается София, Её существование кажется логически необоснованным, чрезмерным, излишним: в одних местах она сближается со Святым Духом и талмудическим Руах ха-Кодеш, в других – с Богом-Сыном и античным Логосом. Её значение неясно, равно как и причины Её существования, и отношение Её к Троице. Эта неясность привела к идеологическому противостоянию: приверженцы арианства сопоставляли Софию со Святым Духом, православные – с Иисусом Христом и Богоматерью. Примечательно, что первый из храмов Софии – Константинопольский – был посвящён именно Святому Духу: император Констанций Второй, в чьё правление произошло посвящение и освящение собора, был арианином, а Юстиниан, построивший современный величественный храм, сочувствовал монофизитам. Однако ко времени принятия христианства на Руси закрепилась другая точка зрения, связывавшая Софию с Христом и Девой Марией. Классической формулировкой стала «Премудрость созда Себе дом и утверди столпов седмь», где под домом понималась Богоматерь, а под Премудростью – воплощённый Бог-Сын.