Причина — географическая изоляция и действие стабилизирующего отбора.
1) Байкал длительное время (около 20 млн. лет) не имеет соединения с другими водоемами, поэтому организмы из других водоемов не могут попасть в Байкал.
2) В Байкале могли сохраниться виды, которые во всех остальных (связанных между собой) водоемах уже вымерли.
3) В результате мутаций и естественного отбора изменился генофонд исходных организмов, что привело в возникновению новых видов. Байкальские популяции, не имеющие связи с популяциями других водоемов, эволюционировали независимо от других популяций и превратились в отдельные эндемичные виды.
4) В озере Байкал уникальные условия (например, высокое содержание кислорода) и своя уникальная экосистема, поэтому направление эволюции организмов в озере Байкал отличается от направления эволюции организмов в других водоемах.