Признак, обусловленный геном, локализованным на Y-хромосоме, проявляется только у мужчин и не передается по материнской линии. Однако, признак, который ген расположен на аутосоме, но проявляется лишь у мужских особей, может быть унаследован как от отца, так и от матери, и проявляется у мужчин в результате доминантного или рецессивного наследования. Таким образом, ключевым отличием является способ наследования и передачи признака (Y-хромосома для признака на Y-хромосоме против аутосомной наследственности для признака на аутосоме).