Переброс вод северных рек в южные помимо гидротехнической является и экологической проблемой. При изменении годовых стоков и изменении гидрологического режима на территориях изменятся все природные компоненты. Где-то разовьются процессы заболачивания, где-то наоборот обмелеют реки (в том числе северные реки обмелеют из-за сокращения стока). Начнется изменение микроклимата на большой территории, что повлечет деградацию растительности и животного мира. Также возникнут и экономические проблемы, северным предприятиям не будет хватать воды для технологических нужд, начнется обмеление северных рек, которое осложнит возможность навигации на реках.