Многие московские бояре были недовольны тем, что Борис Годунов хочет выдать свою дочь за иноверца и иностранца. Кроме того, главным условием согласия датчан на брак становилось согласие русского царя на предоставление беспрепятственного отправления религиозных обрядов принцем и его свитой. В частности, во время переговоров в Москве датские послы настаивали на праве Иоганна строить в своем тверском владении протестантские кирхи. Именно благодаря настойчивым требованиям королевских послов в грамоте Бориса Годунова от 10 апреля 1602 года, в которой содержались условия брака, было сказано, что королевичу и его подданным не будет препятствий в их вере, что его пасторы могут совершать свою службу. Более того, в царской грамоте принцу разрешалось строить храмы не только в Твери, но и в Москве. Такие условия так же не могли не вызвать недовольства московских бояр.