Не легко было положение временного правительства после освобождения Москвы. Казаки не умели держать дисциплины и грозили постоянными беспорядками и междоусобием при дележе добычи и пленных. В Кремле осада произвела ужасающий беспорядок, и необходимо было наскоро устранить его и привести московские крепости в боевую готовность. Необходимо было отпустить по домам ратных людей ярославского ополчения, сделавших продолжительную боевую кампанию, особенно ввиду предстоявшего похода Сигизмунда. Столь же необходимо было закрепить достигнутый успех царским избранием, чтобы превратить временное правительство в постоянную нормальную власть.
В первые же недели по очищении Кремля идут из Москвы грамоты с призывом выборных людей из городов для царского избрания. В начале января 1613 года начался съезд в Москву выборных людей на избирательный собор. По ряду свидетельств на собор со всей России прибыло около 500 человек. Первым решением собора, о котором заявлено было официально, был отказ ото всякой иноземной кандидатуры; торжественно постановили: «а Литовского и Свийского короля и их детей, за их многие неправды, и иных никоторых земель людей на московское государства не обирать, и Маринки с сыном не хотеть». Покончив с этим, стали рассматривать различные кандидатуры. Наступила самая трудная минута избирательной сессии: нелегко было решить, который из великих родов мог бы превратиться в династию. Сторона «княжат» была совершенно разбита смутой, и ее руководители Шуйские и Василий Голицын были за пределами государства, в плену у короля; остальные за службу Владиславу и за сидение с поляками в Кремлевской осаде почитались за «изменников». Годуновский род вовсе упал по смерти Бориса. Шереметевы разбрелись по всем лагерям и партиям. Романовы также переживали тяжелую пору: их глава и единственный талантливый представитель Филарет был в плену в Польше, остальные же были незначительны сами по себе.
Наконец, 7 февраля 1613 года, собор избрал царем сына Филарета Романова Михаила Федоровича. Нетрудно понять, почему после многих колебаний собор остановился именно на Михаиле Федоровиче Романове. С первого взгляда, правда, его кандидатура представляется странной: очень юный; болезненный, потому что «скорбел ножками» от последствий ушиба; тихий и недеятельный, — он совершенно не подходил в цари. Михаил был лишен хорошего руководства, так как отец его томился в плену за пределами России, а единственный дядя Иван Никитич был ничтожный по способностям и разбитый параличом человек. В более дальней родне Михаила не было способных и достойных людей, кроме, разве, Федора Ивановича Шереметева, видного и почтенного боярина того времени. Как можно было призывать на престол такого кандидата? Однако, чем ближе вглядываемся в обстоятельства той минуты, тем яснее понимаем, что Михаил Федорович был единственным лицом, на котором могли сойтись все стороны, еще не окончательно примиренные — земство и казачество. Надобно помнить, что избирательная кампания проходила под давлением московского гарнизона, в котором численно преобладали казаки: они были опасны своим многолюдством и дерзки сознанием своей силы. Они не слушались власти. Еще в декабре 1612 года казаки в Москве рассуждают о царском избрании, «примеривают Филаретова сына и Воровского (сына) Калужского». Таким образом, в самом начале соборной сессии кандидатура Михаила была поставлена с казачьей стороны вместе с кандидатурой «ворёнка». Последнюю земщина принять, конечно, не могла, и моральный авторитет собора не позволил ее и обсуждать: она была упразднена тотчас после начала соборных заседаний вместе с кандидатурами «иноверных». Но чем решительнее земщина становилась против «ворёнка», тем внимательнее она должна была отнестись к другому казачьему кандидату. Нет сомнения, что казаки выдвигали Михаила «Филаретова сына» по Тушинским воспоминаниям, потому что имя Филарета прочно было связано с Тушинскими таборами. Но фамилия Романовых была связана и с иным рядом московских воспоминаний. Из этого рода вышла первая жена Грозного, Анастасия Романовна, имя которой вспоминалось с сочувствием и почтением. Брат ее, Никита Романович, во время Грозного пользовался редкой популярностью, как способный администратор, не служивший в опричнине, и гуманный человек. Его имя славилось в народных и казачьих песнях, как друга и защитника угнетенных. Последний царь из старой московской династии, Федор Иванович, сын Анастасии, по матери принадлежал к тому же Романовскому роду. Совсем независимо от казаков в 1610 году, когда в Москве после свержения Шуйского шла речь о призвании Владислава, некоторые слои московского населения считали Михаила Федоровича Романова лучшим кандидатом на царство, чем Владислава. Таким образом, выдвинутая казаками еще до собора кандидатура Михаила на самом земском соборе получила значение, и когда выяснилось, что кроме Михаила, нет таких имен, которые могли бы сочетать на себе желания казачества и прочих классов населения, то Михаил и был избран. Его избрание имело тот смысл, что мирило в самом щекотливом пункте две еще не вполне столковавшиеся общественные силы и создавало им возможность дальнейшей солидарной работы и примирения. Вот почему радость обеих сторон по случаю достигнутого соглашения была искрения и велика, и московские люди были правы, когда писали, что Михаил был избран единым советом его будущих подданных.