Соборное уложение 1649 г. фактически ограничило права и полномочия православной церкви и священнослужителей. Был создан специальный Монастырский приказ, подчинённый царю, который стал заниматься сбором и распределением церковных доходов, а также рассмотрением судебных дел у жителей, проживавших на территории монастырских, епископских сёл и деревень (раньше такие дела рассматривал исключительно церковный суд). Кроме того, во всех городах России были конфискованы слободы, принадлежавшие духовенству. Кроме того, оставался в силе запрет на передачу вотчин монастырям, что вызывало большое недовольство со стороны духовенства.