Семя является многоклеточным, а спора одноклеточная. Семя содержит внутри себя зародыш с питательными веществами, спора – нет. Семя защищает плотная кожура, спора имеет оболочку. Споры подвластны неблагоприятным факторам и могут умирать, а семена более выносливы к прорастанию. При слиянии клеток у семян могут образовываться новые виды.