В аппарате Гольджи происходит окончательное формирование структуры белков, синтезируемых на рибосомах гранулярного ретикулума. Некоторые белки упаковываются в мембранные пузырьки, которые отчленяются от аппарата Гольджи и выносятся наружу. В этом органоиде также происходит сборка фрагментов биологических мембран для строительных нужд клетки.
Таким образом, аппарат Гольджи выполняет синтетическую, запасающую, строительную и секреторную функции. Кроме того, в нем происходит формирование лизосом.
Аппарат Гольджи построен из плоских полых мембранных структур, называемых цистернами. Они собраны в стопки по 4—6 штук.