Мезосомы являются артефактами, т.е. искусственными структурами, возникающими при повреждении цитоплазматической мембраны во время воздействия на неё различных веществ — фиксаторов, красителей и т.п.
Учёные долгое время считали мезосомы клеточными органоидами, т.к. считали, что в мезосомах расположено большинство ферментов бактериальных клеток. Считалось даже, что эти мезосомы выполняют функции ЭПС, митохондрий, пластид, аппарата Гольджи и лизосом.