Тело костных рыб покрыто костной чешуёй. Скелет костный, лишь у примитивных костных рыб иногда сохраняется хрящ. В отличие от хрящевых рыб, рёбра которых ограничивают полость тела лишь сверху, у костных ребра длиннее и ограничивают полость тела ещё и с боков. Часть мышечных сегментов дифференцировались и образовали отдельные группы мыши: глазные, челюстные, жаберные, мышцы парных плавников. В черепе костных рыб формируются челюсти с зубами и жаберные крышки, закрывающие снаружи жаберный аппарат. У большинства видов образуется плавательный пузырь.