Для борьбы с ересями Иннокентий III организовал Крестовый поход, в результате которого силами рыцарства была подавлена альбигойская ересь. Еретиков сжигали на кострах, убивали и преследовали. Также для борьбы с ересями была создана инквизиция.
Организованные по всей Западной Европе инквизиционные суды (трибуналы) использовали тайное следствие, доносчиков и пытки для выявления еретиков. Высшей мерой наказания для еретиков было сожжение на костре. В некоторых странах Европы инквизиция действовала вплоть до XIX века. Для борьбы с ересями был создан еще один нищенствующий орден - доминиканцев, представители которого проникали с проповедями в отдаленные уголки мира