Была сохранена автономия остзейских губерний в составе Российской империи, были восстановлены органы дворянского и городского самоуправления, уничтоженные в своё время шведскими властями. Сохранение автономии остзейских губерний в составе Российской империи должно было стать привлекательным для немецких феодалов и послужить целям европеизации России, так как Прибалтика была связующим звеном между Россией и Европой. Малороссия в составе Российской империи также имела автономию.
Такая политика российских властей (сохранения или умножения автономии) проводилась в отношении недавно присоединённых территорий. Проводилась политика обращения в православие народов Поволжья (мордвы, чувашей, марийцев, удмуртов, татар). Были случаи принудительной христианизации. Проявлялась терпимость по отношению к протестантам и католикам, однако вести миссионерскую деятельность им было запрещено. В 1762 году были прекращены гонения на старообрядцев.