Были нормализованы отношения с буддийской общиной, фактически буряты получили возможность свободно исповедовать буддизм. 17 июня 1773 года был издан указ Святейшего Синода, разрешивший свободу исповедания ислама и строительство мечетей.
Православному духовенству было запрещено вмешиваться в дела «иноверцев». В 1787 году российские власти нормализовали положение старообрядцев. Католикам гарантировали свободу исповедания. Поощрялась деятельность католического ордена иезуитов, так как они на высоком уровне преподавали светские предметы. Униатские церкви российские власти закрывали, так как униаты признавали верховенство папы римского. Евреев при Екатерине II причислили к сословиям купцов и мещан, имевших довольно широкие права и свободы. Однако для того, чтобы они не создавали конкуренции купцам и ремесленникам, их проживание ограничили чертой оседлости.
Как сторонница идей философии Просвещения, Екатерина II стремилась привести национальные и религиозные отношения в Российской империи к единообразию. В то же время, понимая ценность традиций, в своей политике в отношении народов России она старалась найти разумный баланс желаемого и возможного.