1. Мхи не имеют корней. Папоротники имеют множество придаточных корней, отрастающих от корневища (видоизменённого побега).
2. Листья мхов микроскопичны, листья папоротников - вайи имеют сложное строение.
3. У мхов гаметофитом является взрослое листостебельное растение, у папоротников -заросток.
4. Мхи гаплоидны, папоротники - диплоидны.
5. У мхов фотосинтез идет медленно. Мхи могут фотосинтезировать под снегом. Если температура холодного времени года близка к 0, то мхи остаются вечнозелеными.