Главной причиной этой катастрофы является хищническое, неоправданно завышенное, бесконтрольное и бесхозяйственное использование вод рек Сырдарии и Амударии для орошения хлопковых и рисовых посевов. В результате такой деятельности человека в Аральское море постепенно стала доходить лишь малая часть стоков этих рек.