Причиной бесплодия является нарушение конъюгации хромосом при мейозе. Во время конъюгации между многими гомологичными хромосомами происходит кроссинговер - процесс обмена участками гомологичных хромосом. У потомков нарушается процесс образования половых клеток, поэтому большинство межвидовых гибридов бесплодны. Они неспособности к размножению, потому что некоторые гены ядерной и митохондриальной ДНК не совместимы.
Очень известными гибридами являются мул(скрещивание осла и кобылы) и лигр(скрещивание льва и тигрицы). Они бесплодны, т.к. хромосомы осла и лошади негомологичны, они не могут обмениваться фрагментами хромосом. Если нет конъюгации и кроссинговера, нет и половых клеток, нет гамет - нет потомства. Конъюгация и кроссинговер происходят только у гомологичных хромосом. У потомка при образовании половых клеток гомологичные хромосомы родителей должны конъюгировать, обмениваться участками, правильно расходиться к полюсам. У межвидового гибрида часть хромосом или участков хромосом не гомологичны и не смогут правильно разойтись к полюсам. В результате половые клетки будут неправильными, нежизнеспособными.