Направленный мутагенез чаще применяется в селекции микроорганизмов, реже у растений и крайне редко - у животных. Это связано с селекционной эффективностью живых организмов. Самым эффективным объектом являются микроорганизмы и грибы; несколько меньшую - растения и у животных - очень редко из-за больших сроках ожидания потомства и большого количества отбракованных мутаций.