В наши озера и реки вместе с загрязненными ливневыми, талыми и сточными водами, неочищенными городскими отходами, мусором попадают как представители нормальной микрофлоры человека и животных (кишечная палочка, энтерококки, клостридии), так и возбудители кишечных инфекций (брюшного тифа, паратифов, дизентерии, холеры, лептоспироза, энтеровирусных инфекций). Некоторые из них могут даже размножаться в воде - холерный, вибрион, лепюнеллы. Бактериологические исследования воды в основном состоят в обнаружении колибактерий (особенно кишечной палочки - Escherichia coli) и некоторых других спорообразующихся бактерий. Кишечная палочка является постоянным обитателем кишечника человека и животных, следовательно, ее присутствие в питьевой воде является индикатором фекального загрязнения. Чем выше концентрация бактерии группы кишечной палочки, тем вероятнее присутствие таких бактерий, как сальмонеллы, возбудители дизентерии и холеры. Их количество не должно превышать 100 в 1 л в зоне купания и не более 20 в 1 л воды бассейнов и морской воды.
Существует ещё и фуппа микроорганизмов, которые постоянно живут и размножаются в воде. К ним относятся микрококки, сарцины, бактерии рода протей, псевдомонад, представители рода лептоспир. Наибольшее количество микробов в водоемах находится в поверхностных слоях (в слое 10 см от поверхности воды) прибрежных зон. С удалением от берега и увеличением глубины количество микробов уменьшается. В чистой воде находится 100— 200 микробных клеток в 1 мл, а в загрязненной — 100— 300 тыс. и больше.
Что касается фунтовых вод, то они фильтруются через слои почвы и на большой глубине они будут практически стерильными, поэтому в них если и будут содержаться микроорганизмы, то лишь в единичном количестве.