Такая среда называется биогенной. Биогенной средой обитания бактерий являются организмы растений, животных и человека. Прежде всего, микробы заселяют внешние покровы, составляя нормальную микрофлору поверхности. Совершенно иным субстратом оказывается больной организм. Некоторые или многие защитные механизмы и барьеры нарушены, и ослабленный организм становится подобием питательной среды, где развиваются патогенные микробы. Они поражают ткани и органы растений, человека и животных.
Для бактерии организм является средой обитания, которая обеспечивает бактерию всем необходимым и позволяет осуществлять свои жизненные процессы -питание дыхание. размножение и пр. Как среда обитания организм характеризуется определенным постоянством (гомеостазом), к которой в процессе эволюции у бактерий выработались приспособления. Другой организм для бактерии будет выступать как другая планета для нас.
Если говорить о человеке как о совокупности отдельных клеток, то помимо примерно 50 трлн собственных клеток в каждом из нас заключено еще 450 трлн клеток «чужих». Это - те бактерии, для которых наш организм является своеобразной средой обитания В основном эти непременные и неприметные спутники человека обитают у него в кишечнике. И не только живут, но и трудятся на его пользу: помогают переваривать сложные углеводы; поставляют значительную часть витаминов, которые наш организм не может синтезировать; стимулируют иммунную систему, большая часть которой сосредоточена в лимфоидных тканях в стенке кишечника.