В национальной политике господствующей тенденцией становится русификация, но при этом автономия Финляндии расширяется. В то же время во второй половине XIX века на Северном Кавказе и в Средней Азии правительство больше не ставило задачу христианизировать мусульман, прекрасно осознавая её невыполнимость. Властями ставилась другая задача: интегрировать всех подданных на началах русского языка и культуры с целью привить им русскую идентичность. С этой целью мусульманскую элиту и духовенство старались включать в различные сословия и органы правления на местах. Хивинское ханство и Бухарский эмират формально сохраняли независимость, но их внешняя политика и оборона находились под контролем российских властей. Однако российские власти не вмешивались в религиозную жизнь местного населен