Перед новым правителем стояли следующие внутригосударственные задачи
1. Изменить систему управления страной на всех уровнях
2. Пополнить казну
3. Сформировать армию и укрепить обороноспособность страны
4. Сформировать систему налогов
5. Укрепить крепостное право
6. Обновить законодательную базу
Внешнеполитические задачи:
1. Возврат Смоленска
2. Охрана границ и обороноспособность
Внутригосударственные новое правительство Михаила в большей степени смогло решить, была воссоздана старая система приказов и добавлены новые, в города и уезды назначены воеводы, введены новые налоги для восполнения казны, увеличили срок сыска беглых крестьян и запретили их переход, на службу стали набирать иностранцев. Алексей Михайлович принял новое Уложение в 1649 г.
Окончание Деулинского перемирия дало шанс вернуть Смоленск, но попытка была неудачной, однако, поляки отказались от претензий на престол.