Силами приходов была организована шефская работа в госпиталях сбор вещей и продуктов для раненых. Церковь активно занималась сбором средств в фонд обороны. На пожертвования верующих была построена танковая колонна «Дмитрий Донской». 40 танков Т-34 были переданы Красной Армии 7 марта 1944 г. Были также собраны средства на снаряжение самолётов эскадрильи «Александр Невский». В 1944 году был начат сбор средств в фонд помощи детям и семьям воевавших на фронте бойцов. Средства собирали даже некоторые приходы на оккупированной территории. К концу войны денежный вклад РПЦ в фонд обороны составил более 300 млн р., помимо этого были собраны драгоценности, большие партии вещей и продуктов. Многие священнослужители были призваны в действующую армию.
В годы войны ослабилось давление на церковь со стороны государства. В сентябре 1943 года Сталин разрешил избирать нового патриарха, образовать Священный синод, открыть несколько духовных семинарий, освободил из заключения часть священников. Такая перемена по отношению к церкви произошла из-за того, что церковь заняла активную патриотическую позицию, пробуждая и укрепляя патриотические чувства верующих.