В сентябре 1941 началась эвакуация детей в тыл. В школах размещались госпитали, казармы, призывные пункты и военные учреждения. В истории московского образования нет 1941/42 учебного года. Однако уже зимой 1941 года в Москве было создано 32 учебно-консультационных пункта для учащихся 7-10 классов, куда ученики приходили получать задания и консультации. После возвращения многих детей из эвакуации в Москву в сентябре 1942 года учёба в московских школах возобновилась. В 1942/43 учебном году в Москве работало около 300 школ. Не хватало топлива, учебных пособий, письменных принадлежностей. Многие школы работали в две-три смены из-за нехватки помещении. При этом почти во всех школах были организованы группы продлённого дня, а дети получали горячее питание.