С появлением единого государства «государь всея Руси» сосредоточил в своих руках огромные полномочия. Только он имел право издавать законы, назначать на высшие государственные должности, осуществлять полномочия высшей судебной инстанции. Кроме того, он возглавлял наиболее значительные военные походы. Несмотря на изменение общественного статуса великого князя и значительное увеличение его полномочий, сохраняется древняя традиция княжеской «думы» со своими боярами. Она трансформируется в создание постоянного совещательного органа при великом князе - Боярской думы. Государственного аппарата как такового в конце XV в. ещё не существовало. Но были созданы два общегосударственных учреждения, которые исполняли великокняжеские распоряжения: дворец и казна. Дворец первоначально ведал землями великого князя, затем там стали рассматривать земельные споры, вершили суд. С присоединением новых территорий там появились местные дворцы, а из Москвы управление ими осуществлял Большой дворец. Казна контролировала взимание налогов, таможенных сборов, выполнение ряда повинностей, а также занималась вопросами внешней политики. В казне хранились государственная печать и государственный архив.