Одной из самых актуальны задач, которую должна была решать новая российская власть, стало сохранение территориальной целостности страны, недопущение распада России. В 1990 г. республики, входившие в РСФСР, заявили о своём суверенитете и отказе от статуса автономий. Некоторые из них взяли курс на выход из состава Федерации. Наиболее острые формы принял конфликт в Чечне. В 1991 г. новое руководство Чечни заявило о независимости ее от России. Президентом стал генерал Д.М. Дудаев, который провозгласил создание независимой Чеченской Республики (Ингушетия выделилась в самостоятельную республику в составе России). Чеченцы захватили имущество и вооружение Советской армии на территории республики, блокировали железные дороги и автомагистрали. Участились факты насилия по отношению к русскоязычному мирному населению и российским военным. Занятые политической борьбой российские власти не занимались всерьёз чеченскими проблемами. В декабре 1994 г. в Чечню для восстановления конституционного порядка были введены войска. С этого момента конфликт обострился, боевые действия сопровождались многочисленными жертвами среди российских солдат, чеченских боевиков и мирных жителей. В ночь с 31 декабря 1994 г. на 1 января 1995 г. по приказу министра обороны П.С. Грачёва войска пошли на штурм Грозного - столицы Чечни. «Новогодний штурм» закончился серьёзными потерями. Бои за город продолжались два месяца. В результате вооружённые отряды сепаратистов оставили Грозный, ушли в горы и в подполье. В апреле 1996 г. в результате операции спецслужб Дудаев был уничтожен. С 1996 г. положение в Чечне вновь обострилось. Военно-политический кризис в этой республике, большие потери российских войск, страдания мирных жителей производили гнетущее впечатление на общественность страны. В августе 1996 г. в Хасавюрте секретарём Совета Безопасности генералом А.И. Лебедем было подписано соглашение, по которому российские войска в целях прекращения дальнейшего кровопролития выводились с территории Чечни. Чеченские руководители восприняли это соглашение как свою победу в воине.
Чечня три года фактически была независимой. Но наладить мирную жизнь в республике этой власти не удалось. В Ичкерии процветали работорговля, наркобизнес, контрабанда. С 1996 г. здесь были ликвидированы светские судьи и стали действовать суды шариата, которые российским законодательством не отнесены к числу учреждений, составляющих судебную систему