Глубокий кризис в аграрном секторе был обусловлен глубоким экономическим кризисом в стране, политической нестабильностью, инфляцией, дефицитом бюджета, низкой покупательской способностью населения. В условиях нехватки продовольствия происходил рост импорта продовольственных товаров, что погружало российский аграрный сектор в ещё больший кризис. Аграрному сектору не хватало минеральных удобрений и сельхозтехники, что вело к снижению урожайности. Ухудшалось экологическое состояние земель. В несколько раз снизились объёмы инвестиций в АПК. В результате аграрной реформы важнейшие агрономические предприятия зачастую попадали в руки непрофессионалов, которым не хватало знаний и технологий.