Противостояние Президента и Верховного Совета в вопросе об основах политического строя привело к вооруженному столкновению 2-3 октября 1993 гола и обстрелу Белого дома. В результате данных событий Съезд народных депутатов и Верховный Совет были ликвидированы. До избрания Федерального Собрания и принятия новой Конституции в РФ устанавливалось прямое президентское правление. 12 декабря 1993 года состоялись выборы в Совет Федерации и Государственную Думу.
Главным событием политической жизни страны в 1990-е гг. стала ликвидация Советов и формирование новой политической системы, основанной на разделении властей. Оформился российский парламентаризм. Началось формирование независимой от высших органов власти системы местного самоуправления. Государственные и местные органы впервые стали избираться путём всеобщего, равного, прямого и тайного голосования. Важным элементом новой политической системы России стала многопартийность.
Вместе с тем к концу 1990-х гг. центральная власть в стране была слабой и малоэффективной. Её характеризовало ослабление всех государственных институтов. В большинстве регионов страны действовали законы, противоречащие Конституции России. Создалась угроза территориальной целостности страны.