Регулярными стали Рождественские чтения, в ходе которых на самом высоком государственном уровне обсуждались формы участия церкви в возрождении духовности и нравственности россиян.
Представители РПЦ и других конфессий активно участвовали в работе Общественной палаты РФ и других общественно-государственных структур. В 2000 году завершилось воссоздание храма Христа Спасителя в Москве. По всей России шло возрождение церквей, монастырей, приходов. За 18 лет служения Алексия II число монастырей выросло с 35 до 769, а действующих церквей - с 7,5 до 30 тысяч. Наряду с церквями возводились мечети, синагоги, буддистские дацаны. Несколько миллионов верующих разных конфессий совершили паломничества к святым местам.
Крупнейшим событием в жизни Русской православной церкви стало её воссоединение с Русской православной церковью за границей, состоявшееся в мае 2007 г., когда патриарх РПЦ, Алексий II и митрополит РПЦЗ Лавр подписали Акт о каноническом общении.
Представители разных конфессий принимали активное участие в духовном возрождении российского общества. Церковные школы, духовные семинарии, православные гимназии были приравнены к государственным и обучали десятки тысяч детей. Священнослужители вернулись в армейские подразделения для работы среди военнослужащих.