Причин комбинативной изменчивости несколько. Первая заключается в независимом расхождении хромосом в мейозе. Так в гамете, например, у человека, содержится 23 хромосомы. И точно определить, сколько из них материнских, а сколько отцовских, невозможно.
Вторая причина – кроссинговер (перекрест хромосом в мейозе), когда происходит обмен аллельными генами между гомологичными хромосомами. Сказать точно, какими именно генами происходит обмен и сколько в итоге будет рекомбинантных хромосом – довольно трудно.
Третья причина комбинативной изменчивости кроется в том, что характер встречи итого или иного сперматозоида с яйцеклеткой совершенно случайный. То есть, нельзя точно предположить, какие именно комбинации генов содержатся в гаметах и как будет реализована эта комбинация в потомстве.