Никон не мог победить Алексея Михайловича, потому что традиция подчинения церкви государю была слишком давней. Собственных силовых структур у патриарха не было, светские, исходя из этой традиции, его бы не поддержали.
К тому же и церковь не была единой. Как и было в случае с митрополитом Филиппом при Иване Грозном, иерархи не сплотились вокруг своего лидера, а радостно на него обрушились, надеясь занять его место.