Главной причиной разногласий был вопрос о первенстве должности: кто должен быть главным в православном мире, царь или патриарх.
Также имел место личный конфликт. Молодой Алексей Михайлович видел в Никоне духовную опору, даже духовное руководство. Но с возрастом царь стал этим духовным руководством тяготиться. Эта история отчасти похожа на взаимоотношения Ивана Грозного и протопопа Сильвестра (тем более, что Никон тоже начинал как приходской священник).
В результате конфликта патриарх был отстранён от власти потому, что реальная сила была на стороне царя. Но формально низложен он не был: нижестоящие иерархи не могли низложить вышестоящего.
Второй причиной и решающим фактором, который позволил низложить Никона и формально стала помощь двух восточных патриархов, приехавших на церковный собор 1666-1667 годов.