В системе центрального управления ближе к концу века было отменено местничество, что в целом укрепило власть монарха, потому что позволило назначать на все должности людей, исходя из предпочтений царя, а не из соображений родовитости (что было позже максимально использовано Петром Великом).
На многие должности и до отмены местничества назначали без оглядки на родовитости (должности этого не требовалось). На них назначали дворян, всё более и более образованных, в управление пришло новое поколение.
Решение о переходе с посошному сбору податей на подымную (то есть с каждого домохозяйства, вне зависимости от богатства этого домохозяйства) было направлено прежде всего на повышение доходов казны, но эти самые увеличенные доходы казны, естественно существенно усилили центральную царскую
власть.
В органах местного правления оыли урезаны полномочия выоранных органов апасти и увеличены полномочия назначенных воевод, что также увеличивало власть этого самого назначавшего их центра.