Ученые критиковали биогенетический закон Геккеля за то, что он утверждал, что наследственные признаки передаются в последовательных поколениях исключительно в результате передачи генов. Однако понятие гена как неизменяемой единицы наследства не было до конца понятным и окончательно установленным до XX века. Таким образом, ученые считали, что в законе Геккеля "перепутаны причина и следствие", так как он не учитывал влияние окружающей среды и других факторов на развитие и характеристики организма.