При присоединении новых территорий возникали проблемы интеграции коренного населения в существующий уклад жизни Российского государства. Многие народы исповедовали традиционные верования (шаманизм, тотемизм) или относились к другим мировым религиям. Коренное население при достойном отношении русских «колонизаторов» воспринимало их как чужаков и завоевателей, что нередко приводило к вооруженным столкновениям. Кроме того, новые территории было необходимо заселять русским населением, которое также неохотно переезжало из насиженных мест на вновь осваиваемые территории. Из-за удаленности территорий возникала необходимость строительства дорог и налаживания сообщения с основной частью страны, для управления новыми землями.