Мцыри – сын горского народа. Но шестилетним ребенком он был пленен русским генералом, увезен из родного дома и оставлен умирать в грузинском монастыре, потому что в дороге заболел. Мальчик выжил, он жил среди монахов и воспитывался ими в смирении. Но горцы – народ свободолюбивый и горячий, с гордым нравом. Хоть ребенок выглядел худым и слабым внешне, но он уже тогда был силен духом и храбр. Когда Мцыри вырос и должен был принять обет, он совершает побег из монастыря в грозовую ночь, не желая отходить от мирской жизни, которую не успел познать. Нашли его через три дня в окрестностях монастыря умирающим.
Он эти три дня находится на свободе в единении с природой, чувствуя к ней доверие, восторгаясь ею и уподобляясь ее обитателям. Вместе со всеми потрясениями и впечатлениями к нему возвращаются его детские воспоминания и видения. Мцыри вспоминает свою семью и родной аул. Он отчаянно хочет найти домой дорогу, но не может. На звериной тропе юноша сталкивается с барсом, вступает с ним в схватку и побеждает; в итоге силы покидают его.
Мцыри, оказавшись на природе, сторонится людей, не желает обращаться к ним за помощью, потому что не видел от них добра и не верит им.
Печалится Мцыри о том, что умирает вдали от родины, что он так и не смог туда вернуться, не воссоединился со своим народом и с родными. Юноша просит, чтобы его перенесли в монастырский сад, желая напоследок подышать чистым, свежим воздухом и налюбоваться красотой природы. Но особенно он хочет насмотреться на хребты родного Кавказа, которые оттуда видны. Он надеется на то, что, умирая, услышит родную мелодию, долетающую с аула, и ощутит себя рядом с родственником или другом. Мцыри просит похоронить его на этом месте, тогда его душа спокойно уйдет на небо, никого не проклиная.
Сравнение «в тюрьме воспитанный цветок» характеризует отношение юноши к его жизни в монастыре. Он не раз называет монастырь тюрьмой, потому что там он не мог жить так, как хотелось, не мог принимать собственные решения. Оказавшись в нем еще ребенком, он не чувствовал ни любви, ни ласки на протяжении многих лет. То есть Мцыри рос, как цветок без солнца, был цветком, взращенным в темнице. Хоть это и не тюрьма в прямом смысле слова, но в монастыре он чувствовал бессмысленность своего существования и не находил применения своим силам.
Сравнивая жизнь в монастыре и на воле, Мцыри объясняет различия между обычной полноценной жизнью со всеми ее опасностями, превратностями, соблазнами и неожиданностями и предсказуемым, подчиняющимся традиционному распорядку существованием в монастыре. Называя монастырь тюрьмой, он подчеркивает свою несвободу, зависимость от чуждого ему уклада, протестует против него и не желает удаляться от мира, в котором столько неизведанного и интересного.