Для борьбы с Болотниковым Василий Шуйский мобилизовал все силы. Он сумел воспользоваться внутренними противоречиями между восставшими и расколоть их. Ослабив противника, царь нанёс поражение в битве у деревни Котлы. Остатки войска Болотникова он осадил в Туле. Этот хорошо укреплённый город был взят не столько силой, сколько хитростью и обманом. Поверив в царское прощение, болотниковцы сдались и сразу за это поплатились. Шуйский и не планировал сдерживать своё слово и жестоко подавил восстание. Болотникова вообще ослепили и утопили в проруби.
Если оценивать действия Василия Шуйского, то они в целом были правильными. Точнее, вынужденными в той обстановке, что сложилась. Новоиспечённый царь понимал, что его положение ещё более шаткое, чем у Бориса Годунова. Появление новых самозванцев могло привести к потере престола. Единственным вариантом, который оставался у Шуйского – действовать быстро и жестоко, не дав возможности восстанию перерасти в нечто большее и одновременно с этим – запугать тех, кто мог выступить против законной власти. Поэтому подавлять восстание Болотникова нужно было любой ценой, не считаясь с жертвами.