Император Муцухито родился 3 ноября 1852 года в Киото. О детстве и молодости Муцухито имеются противоречивые сведения. Согласно одним источникам, он описывается как здоровый и сильный юноша, прекрасно владеющий сумо. По другим, будущий правитель рос слабым и болезненным. Принц отличался нежеланием учиться, но повзрослев, стремился наверстать упущенное. Он стал увлекаться поэзией и сам писал стихи.
В 1860 году Муцухито был признан наследником императорского трона. 3 февраля 1867 года он вступил на престол. Несмотря на это сёгун Токугава Ёсинобу стремился сохранить свою власть. В январе 1868 года император издал указ об отмене сёгуната.
Несмотря на создание парламента, последнее слово в принятии решений оставалось за императором. Большую роль в управлении страной стали играть влиятельные люди из числа военных, политиков и предпринимателей. Во время правления императора Муцухито Япония превращается в развитое государство, что дало ей возможность начать колониальную экспансию в бассейне Тихого океана.
При Муцухито столица Японии была перенесена из Киото в Эдо (Токио). В 1871 году император провел административную реформу, учредив деление страны на префектуры. В 1873 году введены государственное образование и воинская повинность. Итогом реформ была потеря самураями своих привилегий.
Император Муцухито скончался в 1912 году. По решению парламента была принята резолюция, увековечившая роль императора в реформах периода Мэйдзи.