Во второй половине XIX века происходит активизация миссионерской деятельности в Африке. Миссионеры в своей работе испытывали трудности, связанные как с негативным образом белого колониста, грабившего местное население, так и с конкуренцией со стороны протестантских и мусульманских миссионеров.
В Египте (1839) и Ливии (1914) возникают миссии францисканцев. Миссионерская работа заключалась в открытии школ, больниц и работе с местными католиками. Турецко-итальянская (1911-1912) и Первая мировая войны негативно сказались на отношении местного мусульманского населения ко всему чуждому, в том числе и к католичеству.
В Алжире и Тунисе миссионерство не развивалось из-за прочных позиций ислама. Французская администрация не только запретила католическую пропаганду, но даже выступала в поддержку ислама. Положение несколько улучшилось после голода 1868 года, когда около 1800 местных детей были помещены в сиротские приюты и могли стать началом христианских общин в Алжире. К 1906 году в Алжире было уже около 800 католиков, обращенных из ислама.
Португальцы в своих колониях Анголе и Мозамбике враждебно относились к миссионерской деятельности. С ликвидацией в 1834 году монашеских орденов в Португалии, изгнаны были и миссионеры из колоний, церкви были уничтожены. В 1873 году в колониях было создано несколько миссионерских пунктов. В Мозамбике с 1881 года работали иезуиты. Португальская революция 1910 года вынудила их оставить страну.
В Либерии проповедовать начали в 1833 году несколько негров, прибывших из США. В 1845 году свою деятельность тут начала организация «Отцы Духа Святого», но члены миссии погибли из-за тяжелого климата.
Успешной, несмотря на сопротивление мусульман, была деятельность миссионеров во Французской Западной Африке. Во Французском Конго миссионеры основали две деревни, составленные исключительно из выкупленных рабов.
В 1888 г. король Бельгии Леопольд II отдал колонию Бельгийское Конго под опеку организации «Объединение Непорочного Сердца Марии». Путем выкупа рабов, сбора оставленных детей число туземцев-католиков достигло 200 тыс. человек. Иезуиты создавали католические поселения, изолированные от мира и устроенные патриархально.
В Южно-Африканских колониях Великобритании (Родезия, Южно-Африканский Союз, Ботсвана) миссионерская деятельность почти не начиналась. Этому препятствовали: ограниченность миссионерской деятельности главными городами, нетерпимость протестантов: англичан и голландцев, недовольство местного населения политическими условиями страны.
На Мадагаскар в 1845 году прибыли монахи-иезуиты. Однако, произошедшая на острове в 1863 году революция укрепили позиции протестантов и осложнила деятельность католических миссионеров. Когда Франция начала свою борьбу за Мадагаскар миссионеры должны были оставить свои миссии. После занятия острова французами, они вернулись на свои места.