Католическая церковь в конце X–XI в. столкнулась с чрезмерным вмешательством представителей светской власти (императора, королей, князей и т.п.) во внутренние церковные дела. Постепенно стало нормой отбирание у Церкви части её доходов в свою пользу, самовольное назначение епископов и аббатов из числа близких родственников или родственников своих вассалов.
Сторонники Клюнийского движения считали, что обновление Церкви, в первую очередь, должно состоять в избавлении от влияния любых светских владык. Они считали, что духовенство должно самостоятельно решать свои внутренние проблемы, а также избирать священнослужителей, аббатов и епископов без вмешательства извне. Управлять Церковью, по их мнению, имел право только папа римский. Также клюнийцы выступали за укрепление дисциплины среди самого духовенства, в частности строго следить за выполнение священниками запрета вступать в брак.