Устройство электронного микроскопа аналогично устройству светового микроскопа. Отличие заключено лишь в том, что оптические элементы замещены подобными им электрическими.
Увеличение объекта в электронных микроскопах происходит за счёт процесса преломления пучка света, проходящего сквозь исследуемый объект. Под различными углами лучи попадают в плоскость объективной линзы, где и происходит первое увеличение образца. Далее электроны проходят путь к промежуточной линзе. В ней происходит плавное изменение увеличения размеров объекта. Конечную картинку исследуемого материала дает проекционная линза. От нее изображение попадает на флуоресцентный экран.
Электронный микроскоп увеличивает объект в 1-2 млн раз.